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5-Hydroxymethylcytosin im Nabelschnurblut und Assoziationen von DNA-Methylierung mit Sex bei Neugeborenen

Zitat:

Solomon O, MacIssac J, Tindula G, Kobor M, Eskenazi B, Holland N. 5-Hydroxymethylcytosin in Nabelschnurblut und Assoziationen von DNA-Methylierung mit Sex bei Neugeborenen. Mutagenese 2019;34(4):315-322.

Abstrakt:

Die DNA-Methylierung wurde umfassend auf Assoziationen mit Expositionen und gesundheitlichen Folgen untersucht. Sowohl 5-Methylcytosin (5mC) als auch 5-Hydroxymethylcytosin (5hmC) sind epigenetische Markierungen, die unterschiedlich funktionieren können, um die Genexpression zu beeinflussen; Die am häufigsten verwendete Technologie zur Bewertung der Methylierung für Bevölkerungsstudien im Blutgebrauch sind jedoch die Illumina 450K- und EPIC-BeadChips, bei denen die traditionelle Bisulfit-Umwandlung 5 mC und 5 hmC-Markierungen nicht unterscheidet. Wir verwendeten ein modifiziertes Protokoll, das ursprünglich von Stewart et al. oxidative Bisulfit-konvertierte und konventionelle Bisulfit-konvertierte DNA für das gleiche Subjekt parallel durch den EPIC-Chip zu analysieren, was es uns ermöglicht, die beiden Messungen zu isolieren. Wir haben 5mC und 5hmC im Nabelschnurblut von 41 neugeborenen Teilnehmern der Geburtskohorte des Center for Health Assessment of Mothers and Children of Salinas (CHAMACOS) gemessen und die differentielle Methylierung von 5mC + 5hmC, isolierte 5mC und isolierte 5hmC am Beispiel des Geschlechts bei der Geburt untersucht investigated einer biologischen Variablen, die zuvor mit DNA-Methylierung in Verbindung gebracht wurde. Die Ergebnisse zeigten niedrige 5hmC-Spiegel im gesamten Epigenom in den Nabelschnurblutproben im Vergleich zu 5mC. Die Übereinstimmung von autosomalen Treffern zwischen 5mC + 5hmC und ausschließlichen 5mC-Analysen war gering (25%); jedoch war die Überlappung größer mit einem erhöhten Effektstärkenunterschied. Es gab 43 autosomale Cytosin-Nukleotide, gefolgt von Guanin-Nukleotid (CpG)-Stellen, an denen 5hmC mit dem Geschlecht assoziiert war, von denen 21 nach Anpassung an die Zellzusammensetzung für 5hmC einzigartig waren. 5hmC macht nur einen kleinen Teil der Gesamtmethylierung im Nabelschnurblut aus; es hat jedoch das Potenzial, die Interpretation kombinierter 5hmC + 5mC-Studien im Nabelschnurblut zu beeinflussen, insbesondere da die Effektstärken von Differentialmethylierungsanalysen oft klein sind. Mehrere signifikante CpG-Stellen waren für 5hmC einzigartig, was auf einige Funktionen schließen lässt, die sich von 5mC unterscheiden. Weitere Studien zu genomweiten 5hmC bei Kindern sind gerechtfertigt.

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